Les greffons sont des programmes externes pouvant être exécutés par Gwyddion pour réaliser certaines opérations sur les données ou pour lire ou écrire des données dans un autre format de fichier. Les greffons sont en général des programmes pouvant s'enregistrer dans Gwyddion (par exemple pour afficher des données vers une fenêtre) pour lui permettre de créer les menus de ces greffons et les utiliser pour le traitement des données (ou des opérations d'entrée/sortie).

De manière générale, il est préférable d'étendre les fonctionnalités de Gwyddion à l'aide de modules, car ceux-ci sont des librairies liées dynamiquement à Gwyddion lors du démarrage, ce qui permet une interaction bien plus polyvalente avec le logiciel. Pour la même raison, les modules sont aussi bien plus rapides. Par exemple, les greffons ne peuvent utiliser les fonctions déjà présentes dans Gwyddion, et ne peuvent modifier les données directement, une nouvelle fenêtre est toujours créée pour afficher le résultat. La programmation des modules n'est pas plus difficile que celle des greffons, elle peut même être plus facile (en supposant que vous connaissiez le langage C).