Двумерные данные отображаются в т.н. окнах данных. Они являются основными интерфейсными элементами для работы в Gwyddion. Данные отображаются как поле псевдоцвета, соответствующего высоте. Ось псевдоцвета, которая показывает соответствие между цветом и реальными значениями высоты, отображается в правой части окна данных.

Палитра псевдоцвета, используемая для отображения данных о высоте, может быть изменена нажатием по оси псевдоцвета с помощью правой кнопки мыши (т.е., вызовом контекстного меню) и выбором палитры из списка. Наиболее часто используемые палитры доступны из контекстного меню; тем не менее гораздо больший набор палитр доступен при использовании пункта меню Дополнительно. Более того, можно использовать редактор цветовых градиентов для создания собственных палитр и выбора палитр, которые будут отображаться в коротком списке.

Контекстное меню доступно также для области данных. Меню состоит из основных операций с данными и презентациями. Чтобы добраться до всех возможных операций нужно использовать меню Обработка данных... в главном окне Gwyddion или некоторые из инструментов, доступных в наборе кнопок Инструменты главного окна Gwyddion.

Стрелка в верхнем левом углу вызывает меню управления соотношением сторон. Данные могут отображаться или с пикселями, соотносящимися 1:1 к точкам экрана (Квадратный попиксельно), или с физическими размерами соотносящимися 1:1 с экраном (Квадратный физически). Например, образец размерами 1×1 μm, отсканированный с уменьшенным разрешением медленной оси и содержащий, таким образом, 512×128 точек, может отображаться или в окне 512×128, или 512×512.

Окно данных с открытыми всеми тремя доступными контекстными меню.