Хотя стандартные исполняемые файлы для MS Windows создаются с помощью кросс-компиляции, также возможно собрать Gwyddion под MS Windows используя порт утилит GNU MinGW на MS Windows. Стандартные исполняемые файлы MS Windows также идут с включенными практическими всеми опциональными возможностями – заметным исключением из которых является поддержка скриптов на Python. Чтобы заставить эти компоненты работать в MS Windows потребуются дополнительные усилия. Однако, наиболее вероятной причиной компиляции на MS Windows является получение всех необходимых файлов для создания отдельных модулей Gwyddion, и для этого применения опциональные компоненты не являются необходимыми.
Процедура в основном такая же, как при нормальной компиляции под Unix. Некоторые специфичные для MinGW замечания ниже.
Сообщалось, что можно успешно использовать сборку Gtk+ 2.24.10. После установки, задайте в оболочке MSYS
PKG_CONFIG=ПУТЬ-К-GTK+/gtk+/bin/pkg-config.exe
где ПУТЬ-К-GTK+ надо заменить на настоящий каталог установки Gtk+.
Чтобы собрать только библиотеки может оказаться полезным патч gwyddion-2.22-build-only-libs.patch описанный в разделе о кросс-компиляции. В дополнение, похоже что MinGW libintl переопределяет printf() на libintl_printf(), которую, однако, не содержит. Это приводит к сбою компоновки (link) gwyddion.exe. Можно 'исправить' эту ошибку простым удалением include/libintl.h в каталоге Gtk+.