Некоторые из систем GNU/Linux и Unix могут содержать уже собранные пакеты с Gwyddion. Страница загрузки проекта отслеживает известные пакеты и сборки. Например, Debian, Ubuntu, Gentoo, openSuSE или FreeBSD предлагают пакеты Gwyddion. Также существует приложение в формате Flatpak, которое можно устанавливать в различных дистрибутивах. Gwyddion доступен в нескольких репозиториях портов/пакетов для Mac OS X, таких, как MacPorts, Homebrew и Fink. Если ваша операционная система содержит подобные пакеты, и они достаточно свежие, можно установить их стандартными средствами операционной системы. Если нет, возможно вам нужно перейти к разделу о компиляции из исходного кода.