Подключаемые модули - внешние программы, которые можно запустить из Gwyddion либо чтобы провести какую-нибудь операцию над данными, либо чтобы прочитать или записать данные в некотором стороннем формате. В общем, подключаемые модули - это программы, которые могут зарегистрировать себя в Gwyddion (например, печатая нечто в стандартный вывод) чтобы дать возможность Gwyddion создать элемент меню подключаемых модулей и которые могут использоваться для обработки данных (или операций ввода-вывода).

Обычно, предпочтительным способом расширения функциональности gwyddion являются обычные модули (modules, в отличие от plugins, о которых идёт речь в этом разделе), поскольку они являются динамическими библиотеками, связанными напрямую с Gwyddion во время исполнения, что позволяет гораздо более универсально взаимодействовать с программой и они, вследствие тех же причин, также работают быстрее. Например, подключаемые модули обычно не могут использовать существующие функции работы с данными Gwyddion и не могут менять данные в том же месте, для результата всегда создаётся новое окно. Программирование модулей также не тяжелее программирования подключаемых модулей, а возможно даже проще (в том случае, если вы знаете C).