Данные XYZ представляют собой облака точек, которые соответствуют измерениям в произвольном наборе точек, лежащих в плоскости xy. В контексте СЗМ обычно считается, что данные задают функцию поверхности, т.е. одной точке в плоскости xy соответствует одно значение z, по крайней мере концептуально. В более общем случае данные XYZ могут задавать произвольные трёхмерные объекты. Однако, это не является типичным для СЗМ и в Gwyddion в данный момент считается, что данные соответствуют однозначной поверхности.

Важным следствием из этого является то, что наборы данных XYZ которые различаются значениями z, но определены на одинаковых наборах точек в плоскости xy считаются в Gwyddion «совместимыми». Многие операции определены более просто для совместимых данных или имеют смысл исключительно для них.

Опции обработки данных XYZ, которые находятся в меню Данные XYZ в данный момент ограничены. Окна данных XYZ, как показано на следующем рисунке, обеспечивают простейшую визуализацию данных XYZ: растровое изображение предпросмотра. Это изображение предпросмотра рассчитывается используя быстрый метод и даёт результат похожий на интерполяцию данных XYZ методом ближайших соседей. Изменение размеров окна изменяет размер только для уже рассчитанного изображения предпросмотра. Чтобы рассчитать изображение предпросмотра для текущего размера окна воспользуйтесь кнопкой Обновить предпросмотр.

Окно данных XYZ показывает изображение предпросмотра для сканирования вдоль спирального пути.

Также возможно переключиться между режимом предпросмотра данных и показа плотности точек XYZ используя переключатель Карта плотности. При изменении размеров окна эта функция ведет себя подобно предыдущей.