Bien que les exécutables MS Windows soient créés par compilation croisée, il est aussi possible de compiler Gwyddion sous MS Windows à l'aide de MinGW, le portage des outils GNU pour MS Windows. Les exécutables MS Windows standard fournissent pratiquement la totalité des fonctionnalités – à l'exception notable des possibilités de scripts Python. Il faut quelques efforts pour faire fonctionner tous ces composants sous MS Windows. Toutefois, la raison principale pour compiler sous MS Windows est d'obtenir tous les fichiers nécessaires pour développer des modules autonomes pour Gwyddion, et dans ce cas la compilation de tous les composants optionnels n'est pas nécessaire.

La précédure est globalement la même que la compilation sous Unix habituelle. Certaines remarques spécifiques à MinGW sont données ci-dessous.

Il a été reporté que le paquet Gtk+ 2.24.10 pouvait être utilisé. Après l'avoir installé, définissez dans MSYS

où PATH-TO-GTK+ doit être remplacé par le répertoire d'installation de Gtk+.

Pour ne compiler que les librairies, il peut être utile d'utiliser le patch gwyddion-2.22-build-only-libs.patch décrit dans la section compilation croisée section. De plus, il semble que la librairie libintl de MinGW redéfinisse la fonction printf() en libintl_printf(), qui n'est par ailleurs pas fournie. Cela aboutit à une erreur lors de l'édition des liens de gwyddion.exe. Ceci peut être corrigé en supprimant simplement include/libintl.h du répertoire Gtk+.