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Le code source de Gwyddion et les paquets binaires peuvent être téléchargés à partir de la page internet de téléchargement du projet, ou à partir de la page de téléchargement SourceForge.net. L'installation varie légèrement selon le système d'exploitation utilisé et les différentes méthodes d'installation seront décrites dans les sections qui suivent.
Pour démarrer avec Gwyddion vous pouvez aussi télécharger les fichiers d'exemple Gwyddion. Ils sont donnés au format Gwyddion natif et représentent des données AFM typiques.