Certains systèmes GNU/Linux et Unix fournissent les paquets pré-compilés de Gwyddion. La page de téléchargement du projet suit aussi les initiatives de paquetage connues. Par exemple, Debian, Ubuntu, Gentoo, openSuSE ou FreeBSD proposent des paquets Gwyddion. Une application Flatpak app utilisable pour de multiples distributions existe aussi. Gwyddion est aussi disponible depuis plusieurs dépôt pour Mac OS X, tels que MacPorts, Homebrew et Fink. Si votre système d'exploitation est suffisamment récent et qu'il propose un tel paquet, il suffit de l'installer avec les moyens habituels du système utilisé. Dans le cas contraire vous pouvez vous lancer dans la compilation à partir du code source.