Les données bi-dimensionnelles sont présentées dans les fenêtres de données. Il s'agit de l'interface principale pour travailler avec Gwyddion. Les données sont affichées sous forme d'une image en fausses couleurs représentant les hauteurs. L'axe des couleurs représentant la correspondance entre les couleurs et les hauteurs réelles se trouve sur la droite de la fenêtre.

La palette de fausses couleurs utilisée pour représenter les hauteurs peut être changée en cliquant sur l'axe avec le bouton droit de la souris (c'est- à-dire en lançant le menu contextuel), puis en sélectionnant une palette dans la liste proposée. Les palettes les plus fréquemment utilisées sont accessibles directement à partir du menu contextuel ; toutefois vous avez accès à bien plus de palettes en choisissant Plus.... De plus, vous pouvez utiliser l'éditeur de gradient pour créer vos propres palettes et choisir quelles sont celles qui doivent apparaître dans la liste de base.

Un menu contextuel existe aussi pour la zone des données. Ce menu donne accès aux données et opérations basiques sur les données. Pour accéder à toutes les opérations possibles, utilisez le menu Traitement des données dans la fenêtre principale, ou utilisez les outils accessibles avec les boutons du panneau Outils.

La flèche dans le coin gauche de la fenêtre donne accès au menu de changement du rapport d'aspect. Les données peuvent être affichées avec un rapport d'aspect de 1:1 par rapport aux pixels de l'écran (Pixels carrés), ou avec les dimensions physiques avec une échelle de 1:1 sur l'écran (Pixels réels). Une mesure de 1×1 μm scannée avec une résolution réduite selon l'axe lent, ayant donc 512×128 pixels, peut par exemple être affichée dans une fenêtre de 512×128 ou 512×512 pixels.

Fenêtre de données et ses trois menus contextuels disponibles.