Les fenêtres de graphe sont utilisées pour analyser les données uni-dimensionnelles. Elles sont crées par les outils ou modules pouvant extraire des graphes à partir des champs de données.

Une fenêtre de graphe est constituée de trois onglets : le premier donne le graphe, le second la table de données correspondante, et le troisième la liste des courbes. Divers outils liés à la visualisation des données 1D sont disponibles directement dans la fenêtre de graphe : les boutons de zoom et d'échelle logarithmique. Pour accéder à toutes les opérations possibles utilisée le menu Graphe dans la fenêtre principale de Gwyddion ou faire clic-droit dans la fenêtre du graphe.

Une fenêtre de graphe contenant trois profils.

Pour éditer les propriétés d'une courbe vous pouvez cliquer sur la courbe dans l'onglet graphe ou activer par un double clic la ligne correspondante dans l'onglet Courbes. Pour supprimer une courbe donnée il suffit de la sélectionner dans l'onglet Courbes d'appuyer sur la touche Suppr. Il est aussi possible de copier une courbe vers une autre fenêtre graphe en glissant la ligne correpondante vers l'autre fenêtre (si les unités des graphes sont compatibles).

En cliquant sur un axe du graphe une boîte de dialogue apparaît et donne accès aux propriétés de l'axe, qui peuvent être éditées.