Les fonctions du menu et des boutons de la fenêtre principale s'exécutent immédiatement ou après réglages via une fenêtre de dialogue. Les outils, accessibles depuis le panneau de boutons Outils, fonctionnent différemment. Une fois sélectionnés, ceux-ci restent actifs et suivent la fenêtre de données courante jusqu'à ce qu'un autre outil soit sélectionné. On peut donc passer librement d'une fenêtre de données à une autre tout en utilisant le même outil qui affichera des informations ou appliquera des opérations sur la fenêtre courante. Les outils fonctionnent aussi avec des sélections, par exemple des points, des lignes ou des rectangles, sur les fenêtres de données. Toutefois, du point de vue fonctionnel ils réalisent les mêmes taches que les fonctions du menu – lecture de valeur, mise à niveau, value, statistiques, corrections diverses, etc.
Les outils ne peuvent être lancés qu'à partir des boutons du panneau Outils présent sur la fenêtre principale. Gwyddion propose les outils suivants :
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Lire la Valeur
Affiche la valeur de la position indiquée par le clic de souris.
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Distance
Mesure la distance – de la même manière que l'outils Lire la Valeur, il permet de mesurer les distances horizontale, verticale et euclidienne, ainsi que l'angle entre les points d'un champ de données. Cet outil affiche aussi la différence de valeur entre les points sélectionnés.
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Profil
Extrait des profils du champ de données et crée des graphes. Ceux-ci peuvent ensuite être traités à l'aide des fonctions du menu .
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Spectre
Affiche et extrait les données de spectroscopie ponctuelle.
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Statistiques
Affiche les caractéristiques statistiques (RMS, Ra, minimum, maximum, aire effective et projetée, etc.) d'une sélection ou de toutes les données. Cet outil peut aussi calculer ces données pour la zone masquée, ou combiner ces deux types de sélections de zones d'intérêt.
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Fonctions Statistiques
Calcule les fonctions statistiques basiques (distribution des hauteurs ou des pentes, fonction d'autocorrélation, densité spectrale de puissance, etc.) d'une sélection ou de toutes les données.
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Statistiques de Ligne/Colonne
Complémentaire des fonctions statistiques 1D, cet outils affiche les caractéristiques telles ques moyenne, médiane, ou longueur pour chaque ligne ou colonne.
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Rugosité
Evalue les paramètres standard de rugosité uni-dimensionnelle.
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Mise à Niveau par 3 Points
Met les données à niveau selon un plan défini par trois points définis à la souris sur la fenêtre de données. Les trois valeurs peuvent être moyennées sur une petite zone autour du point sélectionnés.
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Mise à Niveau par Chemin
Outil de mise à niveau de ligne ajustant la hauteur selon un ensemble des lignes droites arbitraires.
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Rogner
Coupe une partie des données.
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Editeur de Masque
Edition manuelle des masques : création, exclusion, intersection, inversion, dilatation et érosion, …
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Mesure de Grain
Mesure les paramètres de grains individuels.
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Suppression de Grain
Supprime des parties continues du masque en cliquant sur des points du masque ou interpole (supprime) les données situées sous des parties continues du masque.
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Suppression de Points Chauds
Outil de suppression manuelle de points chauds. Sélectionnez un point sur la fenêtre de données, marquez une zone à interpoler sur la vue zoomée puis supprimez le défaut après avoir choisi la méthode d'interpolation.
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Plage de Couleurs
Etale la plage de couleurs ou change le type d'application des fausses couleurs (linéaire ou non-linéaire adaptatif). Cet outil permet à l'utilisateur de changer la représentation de la plage des fausses couleurs (elle s'étale par défaut de la valeur minimale à la valeur maximale).
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Filtre
Filtres basiques – moyenne, médiane, débruitage conservatif, dilatation, érosion ainsi que divers filtres similaires pour réduire le bruit présent dans les données.
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Gestionnaire de Sélection
Affiche les sélections présentes sur un canal et permet de les copier vers d'autres canaux ou fichiers.
Les fenêtres de dialogue des outils peuvent être fermées (ou plus précisément masquées, car l'outil courant reste actif même si sa fenêtre de dialogue est fermée) en cliquant sur le bouton , en pressant la touche Esc ou en cliquant à nouveau sur le bouton de l'outil dans la fenêtre des outils.