Gwyddion enregistre les modifications des données pour chaque canal, volume ou données XYZ dans un journal. Lorsque les données sont sauvées dans un fichier .gwy, le journal est enregistré avec les données. Le journal peut être affiché en sélectionnant la commande Voir le journal du menu contextuel lancé avec un clic-droit dans la fenêtre des données correspondantes. Cette fonctionnalité est utile pour retrouver les opérations appliquées, ou la manière dont un masque ou une présentation ont été créés, etc. Notez que les journaux sont donnés à titre d'information, ils ne sont pas destinés ou adaptés à des fins d'audit.

L'affichage du journal se fait en direct : si vous laissez la fenêtre ouverte vous pourrez voir les différentes opérations apparaître au fur et à mesure que vous les appliquez.

Un exemple basique de journal est donnée dans la figure qui suit. Pour chaque opération, le type, le nom, les paramètres et la date sont enregistrés. Le type peut être par exemple l'import de fichier, une fonction de traitement des données ou l'application d'un outil. Les noms des fonctions correspondent à ceux donnés dans le navigateur de modules (Info → Navigateur de modules), dans lequel elles sont listées dans les fonctions enregistrées pour chaque module ; ou dans le navigateur de modules en ligne. La liste des paramètres représente les réglages de la fonction au moment où celle-ci est utilisée. Comme le journal est donné à titre d'information, les paramètres peuvent permettre ou non une reconstruction précise de l'opération. Cela devrait suffire pour des opérations simples, par contre l'entrée du journal risque d'être insuffisamment détaillée dans le cas d'opérations complexes ou interactives impliquant plusieurs canaux. La date est enregistrée en se basant sur la zone horaire locale lorsque l'opération est appliquée, elle n'est pas recalculée lorsque vous envoyez ou affichez les fichiers dans une autre zone horaire.

Afficheur de journal montrant des opérations simples de traitement sur un canal, démarrant avec l'import du fichier à partir d'un format SPM propriétaire, et continuant avec l'application de fonctions de traitement et d'outils, et enfin une annulation.

Le journal peut être exporté vers un fichier texte à l'aide du bouton Exporter. Il n'est pas possible de modifier les entrées car cela irait à l'encontre de l'objectif du journal, mais vous pouvez toutefois effacer la totalité du journal avec le bouton Effacer.