On appelle méta-données les informations annexes et les valeurs décrivant certaines données ou conditions de mesures. Elle peuvent par exemple inclure le mode SPM, le biais de la sonde, la fréquence de scan, la date de mesure ou des commentaires de l'utilisateur.
Les méta-données sont définies pour chaque canal. Celles de l'image, des données volumiques ou des données XYZ courantes peuvent être affichées avec la commande
en affichant le menu contextuel avec un clic droit (à partir de la version 2.32) ou en utilisant → . (dans les versions précédentes). Le navigateur liste toutes les méta-données par paires Nom / Valeur. Il est possible de modifier, supprimer ou ajouter des valeurs. Il est aussi possible d'exporter toutes les méta-données d'un canal vers un fichier texte à l'aide du bouton .Le niveau de support des méta-données varie fortement d'un format de fichier à un autre. Pour les formats bien documenté ou permetant l'import de toutes les méta-données on a en général accès à un grand nombre de données auxiliaires, même les paramètres de réglage les plus obscurs d'un matériel peuvent être listées. Inversement, il est possible qu'aucune méta-donnée ne soit importée à partir de votre fichier, soit parce qu'il n'en contient pas, soit parce que la méthode pour les lire n'est pas connue.